Os Açores fazem parte da zona Biogeográfica da Macaronésia, que inclui os arquipélagos da Madeira, Canárias, Cabo Verde, ilhas Selvagens e uma franja da costa ocidental de África.

As condições geológicas, geográficas e climatéricas, dos Açores proporcionam uma grande variedade de biótopos, ecossistemas e paisagens singulares com um elevado número de habitats e uma interessante diversidade de espécies, algumas delas endémicas.

Das fontes hidrotermais nas profundezas do oceano até à montanha do Pico, o ponto mais alto de Portugal, ocorrem inúmeros organismos, desde bactérias mil vezes menores do que um milímetro até à baleia azul com 180 toneladas, passando pelo painho-de-monteiro que apenas habita nos ilhéus da Graciosa, pelo priôlo na Serra da Tronqueira, pelos artrópodes troglóbios, das cavidades vulcânicas, ou pela Marsilea azorica numa zona húmida na Terceira, são alguns exemplos da elevada biodiversidade existente nos Açores.

Das cerca de 400 espécies de algas dadas para o arquipélago, 7 estão registadas como endémicas, e das 460 espécies de peixes (distribuídas por 142 famílias), apenas duas são consideradas endémicas, apesar de se pensar que uma importante componente das espécies de peixe que abundam junto à costa, serem espécies endémicas da Macaronésia.

Por serem uma importante zona de transição entre os trópicos e a região temperada do Atlântico Norte, os Açores funcionam como um local de reprodução, crescimento e descanso para muitas espécies marinhas. O arquipélago suporta mesmo uma diversidade de espécies migratórias, entre as quais peixes, tartarugas, aves e cerca de 25 espécies de cetáceos.

No Biota terrestre dos Açores, conhecem-se cerca de 4 487 espécies e subespécies de líquenes, plantas e animais.

Os artrópodes são o grupo de organismos terrestres mais diverso, com 2227 espécies e subespécies contadas, das quais 267 são endémicas.

As 947 plantas vasculares, (68 endémicas), os líquenes (632 dos quais 12 endémicos) e os briófitos (438 dos quais 9 endémicos) são os outros grupos mais diversos nos Açores.

Estão descritas nos Açores cerca de 65 espécies de aves, das quais 12 endémicas, mas apenas 35 nidificam na Região.

Em relação aos mamíferos, existem apenas 2 espécies de morcegos, uma das quais endémica, o Nyctalus azoreum.

Conhecem-se ainda 111 espécies de moluscos dos quais 49 são endémicos, 80 espécies de nemátodos dos quais 2 são endémicos e 21 espécies de anelídeos.

Todas estas espécies vivem em habitats característicos, alguns deles muito raros, que se distribuem desde a costa até à montanha, nos vulcões, grutas, florestas, matos, prados, pastagens, turfeiras, lagoas e ribeiras.

Toda esta biodiversidade justifica a existência da Rede Regional de Áreas Protegidas, que engloba 124 Áreas Protegidas, das quais 22 na Ilha do Pico, das quais se destacam 4 àreas ZEC e 4 ZPE da Rede Natura 2000 e um sítio Ramsar.

Encontra-se também classificada pela UNESCO, como Património da Humanidade a Paisagem da Cultura da Vinha da Ilha do Pico.

Ao abrigo do programa Man and Biosphere da UNESCO,as ilhas de Corvo, Graciosa e Flores foram clçassificadas como Reservas da Biosfera.